Po rozpoczęciu okupacji niemieckiej w 1939 przez krótki czas ukrywał się w Wilkołazie. Po powrocie do Biłgoraja 6 czerwca 1940 został aresztowany przez Gestapo w ramach akcji AB. Początkowo więziony na Rotundzie w Zamościu, następnie został skierowany do więzienia na Zamku w Lublinie i obozu koncentracyjnego w Sachsenhausen. Ostatecznie w grudniu 1940 osadzony w obozie koncentracyjnym Dachau. Z ostatniego obozu został wywieziony podczas tzw. "transportu inwalidów" do centrum eutanazji w Hartheim, gdzie zamordowano go w komorze gazowej.
Różne źródła podają różne daty śmierci Samoleja; pojawiają się m.in. 12 lipca, 12 sierpnia, 10 września. Obozowe świadectwo zgonu podaje 19 czerwca 1942.
Upamiętnienie Na terenie dzielnicy Środmieście w Biłgoraju, w pobliżu kościoła pw. św. Jerzego, znajduje się niewielka ulica imieniem ks. Jana Samoleja. W samym kościele umieszczona jest tablica z epitafium. Personalia Jana Samoleja znajdują się też na tablicy pamiątkowej w archikatedrze św. Jana Chrzciciela i św. Jana Ewangelisty w Lublinie.
Przypisy