Jednak po sporze z dyrektorem szkoły, nie mając perspektyw na dalsze tam zatrudnienie, Junkmann powrócił do Münster, do domu swoich rodziców. W tym samym roku otrzymał stypendium państwowe i zdecydował się na kontynuację studiów historycznych w Bonn. Tam uczęszczał na wykłady Friedricha Christopha Dahlmanna. W 1847 uzyskał w Bonn stopień doktora. Habilitował się w 1851 roku. W latach 1847–1851 zajmował się pisarstwem w Münster, czasowo musiał czasem ukrywać się ze względu na swoje poglądy polityczne. W latach 1851–1854 był nieetatowym wykładowcą (privatdozentem) historii na Akademii w Münster, a jednocześnie był zatrudniony w archiwum prowincji Westfalii, znajdującym się w Münster. W 1854 został profesorem nadzwyczajnym w Liceum Hosianum w Braniewie, a w 1855 profesorem zwyczajnym na Königliche Universität Breslau.