Po włączeniu stacji w Morach w strukturę Państwowego Instytutu Naukowego Gospodarstwa Wiejskiego w Puławach jako Dział Ochrony Roślin w Wydziale Chorób i Szkodników Roślin stał na jego czele jako kierownik (1937–1948). W latach 1933–1939 redaktor naczelny "Rocznika Ochrony Roślin". Podczas II wojny światowej przebywał w Puławach, prowadząc nasłuch audycji radiowych BBC i przekazując zdobyte tam informacje miejscowym oddziałom Armii Krajowej. W 1948 był organizatorem Zakładu Zoologii Rolniczej i Entomologii Stosowanej na Uniwersytecie i Politechnice we Wrocławiu, zostając jego kierownikiem. W 1949 uzyskał habilitację. Od 1951 był wykładowcą utworzonej Wyższej Szkoły Rolniczej we Wrocławiu, kierując Zakładem (następnie Katedrą) Entomologii Stosowanej. Mianowany profesorem nadzwyczajnym (1951) i zwyczajnym (1954). W latach 1956–1960 prodziekan Wydziału Rolniczego WSR. W 1960 przeszedł na emeryturę.
Pochowany na cmentarzu św. Wawrzyńca we WrocławiuWiadomości Entomologiczne, tom XX, suplement: Almanach entomologów polskich XX wieku, wyd. Poznań 2001, s. 169-170. mały|Grób prof. Jana Ruszkowskiego na cmentarzu św.