Pawła, w 1581 Enrico Pantaleone w swojej książce "lohannitarum Rhodiorum" wymienia kościół, jako miejsce, gdzie chorzy przychodzili i doznawali uzdrowienia. Około 1600 Ġlormu Manduca w swojej relacji z Malty wspomina, że na kościele znajdowały się herby rodzin szlacheckich Mazzara i De Nava, a także rodzin Desguanez oraz Bordino. Nowy kościół W 1609 wielki mistrz Alof de Wignacourt postanowił zbudować wieżę obserwacyjną w miejscu, gdzie ówcześnie stał kościół, będącym strategicznym punktem tej części wybrzeża. Ponieważ otaczał wielkim kultem św. Pawła, podjął decyzję o budowie nowej świątyni. Jego wybór padł na inne wysoko położone miejsce, znajdujące się w odległości ok. 500 m. od przystani rybackiej, przy drodze wiodącej do Buġibby. mały|Widok fasady kościoła od strony przystani rybackiej (2021) Około 1610 (nie jest znana dokładna data) kamienna płyta ołtarzowa ze starego kościoła została uroczyście, w obecności samego wielkiego mistrza ze znaczniejszymi rycerzami, oraz biskupa Malty Tomása Gargallo z członkami kapituły katedralnej, przeniesiona na nowe miejsce i wmurowana jako kamień węgielny, wraz z monetami i medalami, w fundamenty nowej świątyni.