Wybuch wojny zastał Stryjeńskiego w Warszawie, skąd – wraz z członkami administracji państwowej – został ewakuowany do Rumunii. W kobierzyńskim zakładzie funkcję naczelnego lekarza pełnił dr Władysław Issajewicz.
Losy szpitala pod zarządem niemieckim Pierwsze tygodnie okupacji thumb|Zakład w Kobierzynie. Na pierwszym planie budynek dyrekcji (listopad 1931) Od 6 do 8 września 1939 na terenie Państwowego Zakładu dla Umysłowo i Nerwowo Chorych w Kobierzynie stacjonowała jednostka Wehrmachtu. Opuszczając szpital zabrała cenne przedmioty, w tym maszyny do pisania, artykuły sanitarne i środki lecznicze. W początkowym okresie wojny, po zakończeniu kampanii wrześniowej zakład funkcjonował normalnie i miał ponad 1000 pacjentów. Dzięki zgromadzonym zapasom wyżywienie pacjentów odpowiadało normom przedwojennym.