zanotował, iż odwiedził „kaplicę św. Małgorzaty, zwaną Tal-Bakkar”, gdzie odprawił mszę świętą dla okolicznych mieszkańców. To samo uczynił w 1718 biskup Joaquín Canaves. W kaplicy corocznie odbywała się fiesta ku czci patronki świątyni, opłacana przez braci Calleja z Birkirkary.
Z czasem, ponieważ kaplica stała w odludnej okolicy, została zapomniana. Jej wyposażenie padło łupem złodziei, a konstrukcja popadła w stan zaniedbania i została zdewastowana przez wandali. thumb|left|Widoczna różnica między częścią oryginalną (jaśniejsza, z wejściem) a współcześnie odbudowaną Podczas II wojny światowej budynek kaplicy uległ prawie całkowitemu zniszczeniu. W latach późniejszych powstała wokół niej zabudowa, a mieszkańcy zaczęli starać się o odbudowę świątyni.
Odbudowa Kaplica została uznana wartą odbudowy, i 10 lipca 1990 Valletta Rehabilitation Committee rozpoczął prace rekonstrukcyjne. Plany odbudowy kaplicy w jej XVII-wiecznym kształcie opracował architekt Conrad Buhagiar, a budowę poprowadził Innocent Centorino. Odbudowano częściowo zniszczoną fasadę oraz w całości ścianę boczną i dach.thumb|Tablica upamiętniająca odbudowę kaplicy 21 września 1990, w dzień obchodów 25–lecia ustanowienia parafii w San Ġwann, odbudowana kaplica św.