24 listopada O 720 papież odleciał samolotem z Tokio do Nagasaki, przyleciał do Nagasaki o 920. Kilkanaście minut później w miejscu wybuchu bomby atomowej papież złożył hołd jej ofiarom. O 1200 zjadł obiad w arcybiskupstwie Nagasaki. O 1400 na stadionie baseballowym Nagasaki papież odprawił mszę świętą. O 1635 odleciał samolotem z Nagasaki do Hiroszimy; przyleciał do Hiroszimy o 1745. Kilkanaście minut później papież złożył wizytę w Parku Pokoju, miejscu wybuchu drugiej bomby atomowej. O 2025 papież wrócił samolotem do Tokio, gdzie wylądował o 2150. Papież przenocował w Tokio.
25 listopada O 1000 papież spotkał się z ofiarami katastrofy „Bellesalle Hanzomon”. Następnie w Pałacu Cesarskim w Tokio papież spotkał się z cesarzem Japonii, Naruhito. O 1145 papież spotkał się z młodzieżą w katedrze św. Maryi w Tokio. O 1200 zjadł obiad w nuncjaturze apostolskiej Japonii. O 1600 papież odprawił mszę świętą na stadionie baseballowym Tokyo Dome. Po mszy świętej papież spotkał się z władzami Japonii, korpusem dyplomatycznym i premierem Japonii, Shinzō Abe.