W styczniu 1999 r., po przejęciu placówek oświatowych przez Gminę Miasto Szczecin, klub został wpisany do ewidencji Uczniowskich Klubów Sportowych prowadzonej przez Miasto Szczecin. Klub od wielu lat uczestniczy w Ogólnopolskim Programie Szkolenia i Współzawodnictwa Dzieci i Młodzieży Uzdolnionej Sportowo.
Ze względu na liczbę sekcji, liczbę zawodników oraz osiągane wyniki sportowe MKS „KUSY” zaliczany jest do największych i najsilniejszych młodzieżowych klubów sportowych w Polsce. Od 2005 roku jest nieprzerwanie liderem wśród klubów województwa zachodniopomorskiego.
Sekcja piłki ręcznej KS „KUSY” prowadzi sekcje żeńskie i męskie w kategoriach: dzieci, młodzik, junior młodszy i junior. Zespoły piłki ręcznej „KUSEGO” biorą udział w rozgrywkach o Mistrzostwo Województwa Zachodniopomorskiego, które są eliminacjami do rozgrywek centralnych o Mistrzostwo Polski lub Puchar Polski. Nasi szczypiorniści odnoszą sukcesy na ogólnopolskich i międzynarodowych turniejach piłki ręcznej. Najlepsi zawodnicy są reprezentantami Młodzieżowej Kadry Narodowej. W historii klubu zdobywaliśmy, i nadal zdobywamy, medale i puchary w najważniejszych rozgrywkach młodzieżowych, zaliczanych do Ogólnopolskiej Klasyfikacji Współzawodnictwa Sportowego Dzieci i Młodzieży.