Tego dnia okręt został przyjęty do służby w Cesarskiej Marynarce Wojennej.
1917 rok 1 lutego 1917 roku nowym dowódcą UC-39 został por. mar. (niem. Oberleutnant zur See) Otto Ehrentraut. Tego dnia, rozkazem szefa sztabu admiralicji niemieckiej z 12 stycznia tego roku, U-Booty należące do czterech flotylli Hochseeflotte, Flotylli Flandria i rozpoczęły nieograniczoną wojnę podwodną. Po okresie szkolenia okręt został 3 lutego 1917 roku przydzielony do Flotylli Flandria. Na pierwszą i ostatnią swą misję bojową U-Boot wyszedł 7 lutego, a rejonem jego działania miał być kanał La Manche.
Już pierwszego dnia rejsu UC-39 u wybrzeży Holandii zatopił zbudowany w 1906 roku norweski parowiec „Hans Kinck” (2667 BRT), płynący pod balastem z Rotterdamu do Newcastle upon Tyne (obyło się bez strat ludzkich). Nazajutrz okręt podwodny zatrzymał i zatopił za pomocą ładunków wybuchowych pochodzący z 1903 roku brytyjski parowiec „Hanna Larsen” (1311 BRT), który płynął na trasie Londyn – Newcastle upon Tyne pod balastem. Na statku, który zatonął na pozycji , śmierć poniosła jedna osoba. Tego samego dnia załoga U-Boota odniosła swój ostatni sukces, topiąc u wybrzeży Yorkshire zbudowany w 1883 roku norweski parowiec „Ida” (1172 BRT), który płynął pod balastem z Leith do Londynu (zginęło dwóch członków załogi).