W 2013 r. z powodu bardzo złego stanu budynków, na czas gruntownego remontu, muzeum zostało zamknięte dla zwiedzających. Prace remontowe rozpoczęły się 1 lutego 2013 roku. Po wykonaniu części remontu, roboty przerwano w 2014 r. z powodu braku funduszy na ten cel w budżecie województwa. Dopiero w 2017 r. zaplanowano środki na zakończenie modernizacji muzeum i organizację ekspozycji stałych. Ponowne otwarcie nastąpiło 3 grudnia 2018 r. W tym dniu udostępniono nowe wystawy prezentujące historię Włocławka i regionu od pradziejów, aż do końca lat 80. XX wieku. mały|Czara włocławska, pochodząca z I poł. X wieku.
Struktura Podstawowe działy muzeum to:
Dział Archeologiczny Dział Historyczny Dział Numizmatyczny
Zbiory Wystawa stała – „Dzieje Włocławka i regionu od pradziejów do PRL”, wyodrębniono tutaj 9 tematycznych przestrzeni ekspozycyjnych:
Pradzieje Kujaw i ziemi dobrzyńskiej (12 000 p.n.e.–V w.