Arcybiskup meksykański Na jego pontyfikat przypadło nasilenie antyklerykalnych działań rządu federalnego i uchwalanie w 1917 antyklerykalnej konstytucji Meksyku, przeciwko której jako głowa meksykańskiego Kościoła protestował. Miały wówczas miejsce zamachy przeprowadzane przez lewicowe bojówki. Na terytorium archidiecezji meksykańskiej bomby eksplodowały m.in. w bazylice w Guadalupe oraz w pałacu arcybiskupim (abp Mora y del Rio nie ucierpiał jednak w tym zamachu).
W 1921 poparł budowę Statui Chrystusa Króla w Cubilete, stwierdzając że pomnik intronizuje Najświętsze Serce Jezusa w całej Republice. W październiku 1924 w stolicy Meksyku był gospodarzem kongresu eucharystycznego, podczas którego biskupi poświęcili miasto Najświętszemu Sercu Jezusa. Organizacja kongresu została uznana przez prezydenta Álvaro Obregóna za złamanie konstytucji. Abp Mora y del Rio ponownie został oskarżony o działania sprzeczne z konstytucją 7 lutego 1925. W tym okresie m.in. w archidiecezji meksykańskiej miały również miejsce przejęcia kościołów przez państwo i odrzucający zwierzchność papieża Meksykański Apostolski Kościół Katolicki.