Jaskinia wytworzyła się w uławiconych wapieniach i dolomitach powstałych w jurze późnej. Powstała na krzyżujących się szczelinach ciosowych wskutek przepływu wód. Jej szata naciekowa jest dość obfita i niezniszczona. W trudno dostępnych miejscach zachowały się zbudowane z drobnokrystalicznego kalcytu stalaktyty o długości kilkunastu centymetrów, stalagnaty oraz naciekowe polewy i żebra. Mają barwę białą, brunatną lub są przezroczyste. Nadal przyrastają. W korytarzu biegnącym w stronę Jaskini Twardowskiego są przezroczyste, zbudowane z kalcytu grzybki naciekowe na ścianach, oraz na głazach miejscami leżących na dnie korytarzyka.
Na dnie salki oraz korytarzyków znajdują się pojedyncze bloki wapienne, buły krzemienia, dużo ostrokrawędzistego gruzu, a miejscami rdzawa glina i piasek. W zależności od pogody na zewnątrz jaskinia jest sucha lub mokra. Ma dynamiczny klimat. Zimą z jej otworu wydobywa się ciepłe powietrze, a podczas dużego mrozu tworzą się kłęby pary. Światło dociera tylko w rejon korytarzyka za otworem wejściowym.
Jaskinia Niska prawdopodobnie łączy się szczelinami z pobliską Jaskinią Twardowskiego.