przebudowany został w latach 1908−1909 przez Józefa Pokutyńskiego.

Pod kościołem spoczywa o. Jakub Wujek, pierwszy tłumacz Biblii na język polski. Kościół wchodzi w skład tzw. Małopolskiego Szlaku Bożogrobców.

Architektura Jest to gotycka budowla ceglana, jednonawowa z apsydą od strony wschodniej (od Małego Rynku). Nakryta jest dwuspadowym dachem z barokową wieżyczką na sygnaturkę, przypisywaną Franciszkowi Placidi (1763). Fasada kościoła znajduje się od strony pl. Mariackiego; jest bezwieżowa, ze szkarpą na osi, zamknięta trójkątnym szczytem. Poprzedza ją tzw. Ogrojec – kaplica cmentarna połączona z kruchtą, z zewnątrz dekorowana rzeźbiarsko, wewnątrz z mieści ołtarz z rzeźbionym przedstawieniem Modlitwy w Ogrojcu wykonanym najprawdopodobniej przez Wita Stwosza lub jego warsztat, kompozycję uzupełnia polichromia pędzla nieznanego mistrza. W zewnętrzne ściany kościoła wmurowane są epitafia, m.in. renesansowe Anny i Jerzego Pipanów (z ok. połowy XVI wieku).

Wnętrze kościoła uległo barokizacji (1688–1692);