Od 2011 do 2014 r. trwały prace remontowo-modernizacyjne sześciu budynków wchodzących w skład kompleksu muzeum: przeprowadzono remonty wnętrz, gruntowny remont dziedzińca a strychy i piwnice zaadaptowano do potrzeb magazynów zbiorów muzealnych i bibliotecznych. W 2015 w budynku muzeum powstała Pracownia Digitalizacji i Reprografii.
W 2016 r. muzeum obchodziło 30-lecie swojej działalności. W ciągu tych 30 lat muzeum było organizatorem blisko 100 wystaw czasowych oraz 37 wystaw objazdowych. Zbiory muzeum powiększono o 5729 pozycji inwentarzowych, przygotowano również ponad 100 różnych imprez, które zyskały sporą popularność wśród mieszkańców Włocławka.
Ekspozycje Wystawa stała:
„Kultura ludowa Kujaw i ziemi dobrzyńskiej” – przedstawia wieś z przełomu XIX/XX wieku i ukazuje nieistniejącą już kulturę ludową.
Od 1986 są organizowane imprezy zapustne, które w 1995 przekształciły się w coroczne „Korowody Grup Zapustnych Ulicami Włocławka”. Muzeum Etnograficzne cyklicznie organizuje również spotkania „Niedziela z kustoszem”, podczas których uczestnicy mogą zwiedzać wystawy czasowe.