Główne obszary prac badawczych M. Matejun w ramach swoich prac sformułował model menedżerskich i prawnych aspektów podejmowania działalności gospodarczej, a także wielowymiarową typologię barier rozwoju współczesnych organizacji. Opisał proces wdrażania oraz uwarunkowania i efekty wykorzystania koncepcji outsourcingu w zarządzaniu rozwojem MŚP. W obszarze badań nad przedsiębiorczością analizował uwarunkowania rozwoju oraz wpływ przedsiębiorczości technologicznej na innowacyjność MŚP, a także rolę środowiska akademickiego w rozwoju przedsiębiorczych i innowacyjnych kompetencji studentów. Ważnym zagadnieniem badawczym było też wykorzystanie potencjału środowiska zewnętrznego w zarządzaniu organizacjami. W tym zakresie M. Matejun zaproponował zestaw kryteriów podziału, płaszczyzn oraz rodzajów otoczenia organizacji, koncepcję strategicznego podejścia do absorpcji zewnętrznego wsparcia w zarządzaniu rozwojem MŚP, a także proces eksploracji i eksploatacji okazji w zarządzaniu innowacjami MŚP.