Powrócił do Torunia, gdzie aktywnie uczestniczył w życiu społecznym – został pierwszym prezesem Zarządu Akcji Katolickiej Diecezji Toruńskiej (1997–1998). Bp Andrzej Suski odznaczył Jana Kostrzaka Medalem „Zasłużony dla Diecezji Toruńskiej”. Od października 1998 do 30 kwietnia 2002 był dyrektorem Urzędu Celnego w Toruniu. Od października 2002 wykładał historię średniowieczną i z najnowsze dzieje krajów bałtyckich w Wyższej Szkole Humanistyczno-Ekonomicznej we Włocławku. Pod koniec życia wszedł w skład Rady Prezydenckiej przy Prezydencie Torunia.
Jan Kostrzak zmarł w Toruniu 29 kwietnia 2004 na raka płuc. Został pochowany 4 maja na toruńskim Centralnym Cmentarzu Komunalnym.
Wybrane publikacje Frühe Formen des altlivländischen Landtages, Wiesbaden: F. Steiner, 1984. Narodziny inflanckich zgromadzeń stanowych od XIII do połowy XV wieku, Warszawa, Poznań: Państwowe Wydawnictwo Naukowe, 1985, . Stosunki polsko-estońskie na przestrzeni dziejów, [w:] Edward Walewander (red.), Polacy w Estonii, Lublin 1998.
Bibliografia