Konsulat Niemiec działał w Krakowie od 1922Mariusz Rzeszutko: Konsulaty w Krakowie. Historia i działalność, Petrus Kraków 2014.. Na początku września 1939 zostali oni pod polską eskortą ewakuowani wraz z pracownikami innych niemieckich placówek dyplomatycznych i konsularnych w Polsce do Rumunii (granicę przekroczono 12 września w okolicach Śniatynia). Wśród nich nie było konsula Augusta Schillingera, który wraz z sekretarką konsulatu Ruth Jurek w Miechowie odłączyli się od grupy pracowników konsulatu i oddanym im do dyspozycji samochodem udali się do Warszawy. 8 września 1939 byli oni widziani po raz ostatni w areszcie straży obywatelskiej w podwarszawskiej wówczas Falenicy. Następnie zostali zabrani przez majora Aleksandra Koźmińskiego i słuch o nich zaginął. W 1940 władze niemieckie uznały ich za zmarłych. Konsulat Niemiec w Krakowie oficjalnie uległ likwidacji w kwietniu 1940.
Po połączeniu Niemiec konsulat w Krakowie powołano w 1991.
Urząd koordynuje też pracą Instytutu Goethego w Krakowie (niem.