Na początku lutego 2021 doszło do sporu w ramach Porozumienia, w trakcie którego Magdalena Sroka opowiedziała się po stronie przewodniczącego partii Jarosława Gowina. W czerwcu 2021 została wiceprezesem Porozumienia. W sierpniu tegoż roku, w związku z decyzją o wystąpieniu parlamentarzystów Porozumienia z KP PiS, współtworzyła nowo powstałe koło parlamentarne swojej partii. 10 grudnia 2022, po rezygnacji złożonej przez Jarosława Gowina, została wybrana na prezesa Porozumienia.
W lipcu 2023 wraz z dwojgiem posłów tej partii przystąpiła do klubu parlamentarnego Koalicji Polskiej. Po kilku tygodniach wraz z tą dwójką posłów zrezygnowała z członkostwa w Porozumieniu. W wyborach parlamentarnych w tym samym roku kandydowała z ramienia koalicji Trzecia Droga w okręgu gdańskim. Poparcia w trakcie kampanii udzielili jej Aleksander Hall oraz Bronisław Komorowski. Uzyskała poselską reelekcję, otrzymując 18 348 głosów. W Sejmie X kadencji została wiceprzewodniczącą Komisji Gospodarki i Rozwoju oraz członkinią Komisji Administracji i Spraw Wewnętrznych. Wstąpiła do Polskiego Stronnictwa Ludowego, w listopadzie 2023 zasiadła w zarządzie wojewódzkim tej partii. W styczniu 2024 powołana na przewodniczącą sejmowej komisji śledczej ds. wykorzystania oprogramowania Pegasus.