Recenzentami w postępowaniu habilitacyjnym byli: Agnieszka Wioletta Filipek, Witalis Pellowski i Bogdan Grenda.
Minister Spraw Wewnętrznych i Administracji powołał go 11 lutego 2017 na komendanta-rektora Wyższej Szkoły Policji w Szczytnie. W 2018 został profesorem tej uczelni. Rezygnację z tej funkcji złożył w lutym 2020.
Kontrowersje W 2012, gdy pełnił funkcję Komendanta Miejskiego w Siedlcach, pięciu jego podwładnych w trakcie przesłuchania na komendzie znęcało się nad trzema zatrzymanymi. Zatrzymanych bito, rażono paralizatorem w miejsca intymne, polewano zimną wodą, jednemu zaklejono usta taśmą. Jeden z torturowanych popełnił samobójstwo tydzień po przesłuchaniu. Komendant Fałdowski, nie wierząc w winę swoich podwładnych, po krótkim zawieszeniu przywrócił policjantów do służby. Sąd pierwszej instancji skazał wszystkich pięciu funkcjonariuszy, potwierdzając skandaliczne zachowania policjantów.
Według doniesień medialnych byli i obecni wykładowcy zarzucają komendantowi-rektorowi Markowi Fałdowskiemu naruszenie praw autorskich, przekroczenie uprawnień w celu osiągnięcia korzyści majątkowej, mobbing oraz plagiat pracy habilitacyjnej.