Modelowanie gruboziarniste – metoda modelowania molekularnego, w której stosuje się modele gruboziarniste, czyli takie, gdzie grupa atomów reprezentowana jest przez pojedyncze centrum oddziaływań zwane pseudoatomem lub zjednoczonym atomem. Metoda ta pozwala na uproszczenie wielu zależności występujących w układach biologiczno-chemicznych oraz ograniczenie liczby stopni swobody układu, co jednocześnie zmniejsza ilość oraz czas obliczeń potrzebnych w symulacji. Takie metody są szczególnie przydatne do modelowania układów o wysokim stopniu złożoności. Wykorzystywane są w symulacjach biomolekuł takich jak białkaIngólfsson, Helgi I.; Lopez, Cesar A.; Uusitalo, Jaakko J.; de Jong, Djurre H.; Gopal, Srinivasa M.; Periole, Xavier; Marrink, Siewert J. (2014-05-01). "The power of coarse graining in biomolecular simulations". Wiley Interdisciplinary Reviews: Computational Molecular Science. 4 (3): 225–248., kwasy nukleinoweBoniecki, Michal J.; Lach, Grzegorz; Dawson, Wayne K.; Tomala, Konrad; Lukasz, Pawel; Soltysinski, Tomasz; Rother, Kristian M.; Bujnicki, Janusz M. (2016-04-20). "SimRNA: a coarse-grained method for RNA folding simulations and 3D structure prediction". Nucleic Acids Research.