Od ukończenia studiów związany jest zawodowo z macierzystą uczelnią, na której przeszedł przez wszystkie szczeble zawodowe od asystenta przez adiunkta po stanowisko profesora nadzwyczajnego. W 2019 roku objął funkcję prorektora ds. nauki Uniwersytetu Opolskiego, a w 2024 został wybrany rektorem kadencji 2024–2028.
Działalność naukowa Zainteresowania naukowe Jacka Lipoka koncentrują się wokół tematyki związanej z: oceną aktywności biologicznej naturalnych i syntetycznych związków chemicznych, ukierunkowaną biosyntezą modulatorów metabolizmu, w tym leków i nutraceutyków oraz analizą przebiegu procesów biokatalitycznych. W swoich badaniach wykorzystuje metody spektroskopowe, szczególnie spektroskopię magnetycznego rezonansu jądrowego (NMR) i spektrometrię mas (MS), skojarzone z metodami chromatograficznymi oraz metody i techniki wywodzące się z nauk biologicznych.
Jest autorem i współautorem blisko 80 publikacji, 5 przyznanych patentów i ponad 180 wystąpień konferencyjnych, w tym ponad 30 wykładów wygłoszonych w większości na zaproszenie. Dotychczas zrealizował 7 projektów naukowo-badawczych finansowanych przez NCN lub NCBiR.