W czasach okupacji niemieckiej zakazane było pod groźbą surowych represji organizowanie spotkań piłkarskich. Z uwagi na fakt, że rakowickie łąki znajdowały się na uboczu Krakowa rozgrywano tam potajemnie zawody piłkarskie, a lokalna społeczność, z inicjatywy Edwarda Ignaszewskiego, pomimo trudnych czasów, postanowiła zawiązać klub sportowy. mały|left|Afisz meczu Wieczysta - Wisła, 10 marca 1946 roku mały|Trybuna stadionu KS Wieczysta W latach 50. i w pierwszej połowie lat 60. zespół balansował pomiędzy rozgrywkami klasy B oraz klasy A na szczeblu okręgowym. Pewną odmianę przyniósł rok 1966, kiedy to w wyniku reorganizacji rozgrywek utworzona została III Liga ogólnopolska z podziałem na regiony. W wyniku tych organizacyjnych roszad Wieczysta została włączona w skład Ligi Okręgowej. Występy na tak wysokim szczeblu nie trwały jednak długo. W 1968 r. drużyna spadła do klasy A, a rok później znowu spadła o kolejną klasę niżej. Następne lata przyniosły sportową stabilizację w postaci regularnych występów na poziomie wyższym okręgowym.