thumb|left|Jan Sitek – twórca muzeum (po prawej) Muzeum zostało ponownie otwarte w październiku 1983 roku, m.in. dzięki współpracy z Muzeum Wojska Polskiego w Warszawie, a jego nazwę zmieniono na: „Muzeum Lat Walki i Okupacji Zamojszczyzny 1939-1944”. Otwarcia dokonał wojewoda zamojski Stanisław Peterwas przy uczestnictwie Zastępcy Dyrektora Muzeum Wojska Polskiego płk. dr. Kazimierza Satory oraz weteranów – żołnierzy AK. W 1990 roku Jan Sitek postanowił przekazać zbiory na rzecz Światowego Związku Żołnierzy Armii Krajowej. Stosowna umowa została zwarta w czerwcu 1990 roku, a twórca muzeum otrzymał w styczniu 1991 roku funkcję Społecznego Kustosza. Placówka zmieniła również nazwę, stając się „Muzeum Historycznym Inspektoratu Zamojskiego Armii Krajowej im. Stanisława Prusa „Adama” w Bondyrzu”. W 1992 roku muzeum wraz z Pomnikiem Poległych i Pomordowanych Żołnierzy AK zostało poświęcone przez ówczesnego biskupa pomocniczego lubelskiego Jana Śrutwę. W 2008 roku pomieszczenia muzeum zostały wyremontowane ze środków pochodzących od darczyńców. Po śmierci Jana Sitka w 2009 roku funkcję Społecznego Kustosza placówki przejął jego syn Edmund Sitek.