Małżeństwo i rodzina Planowała rozpocząć specjalizację pediatryczną i osiedlić się w Halle. Jednak w 1926 roku, wbrew woli rodziców, poślubiła lekarza Ernsta Jahna, z którym miała pięcioro dzieci – cztery córki (Ilse, Johanna, Eva, Dorothea) i syna (późniejszego ministra sprawiedliwości w niemieckim rządzie). Rodzina mieszkała w Immenhausen, para otworzyła wspólną lekarską praktykę, ciesząc się dobrymi koneksjami i uznaniem wśród miejscowych dostojników. Dzieci zostały ochrzczone i wychowywane w religii protestanckiej. Lilli była lubianą i szanowaną lekarką domową, regularnie odwiedzała też synagogę w Kassel.
Prześladowania Nastawienie do żydowsko-niemieckiego małżeństwa zmieniło się, gdy burmistrzem został członek partii NSDAP, Karl Gross, a żydowska społeczność – jak w całej Europie – zaczęła doświadczać prześladowań. W czasie Nocy Kryształowej ucierpiała także rodzina Lilli: kilku pijanych bojówkarzy SA wdrapało się na garaż i rozbijało szyby w domu, rzucając przedmiotami i wykrzykując pogróżki. Z kolei w Kolonii, bojówkarze wtargnęli do domu matki Lilli: zamknęli Paulę i jej służącą w osobnym pokoju, po czym zdemolowali cały dom. Maxa Meyera, męża kuzynki Lilli – Olgi – tej samej nocy aresztowano i zesłano do obozu koncentracyjnego w Dachau, skąd po czterech tygodniach półżywego wyrzucono na stopnie kolońskiej katedry.