RRM2 jest niezbędny dla formowania właściwego strukturalnie kompleksu białkowo-nukleinowego.
W wyniku oddziaływania obydwu motywów z sekwencjami docelowymi TDP-43 bierze udział w regulacji transkrypcji, alternatywnego składania RNA, uczestniczy w procesie obróbki miRNA oraz hamuje włączanie do mRNA eksonów kryptycznych, których obecność w cząsteczce transkryptu przekłada się na zmianę ramki odczytu lub wprowadzenie przedwczesnego kodonu STOP, co skutkuje kierowaniem takiego RNA do degradacji.
Karboksylowy koniec TDP-43, określany jako region bogaty w glicynę, pośredniczy interakcjom z innymi białkami. Umiejętność wiązania białek jest jedną z ważniejszych cech TDP-43, warunkującą sporą część jego funkcji związanych z procesowaniem RNA.
TDP-43, pomimo że lokalizuje się głównie w jądrze komórkowym, jest również zaangażowane w procesy, które odbywają się w części cytoplazmatycznej. Analogicznie do innych białek z rodziny heterogennych rybonukleoprotein pewna pula TDP-43 stale przemieszcza się między jądrem komórkowym a cytoplazmą, co jest możliwe dzięki sekwencjom tworzącym sygnał lokalizacji jądrowej oraz sygnał transportu z jądra. TDP-43 odpowiada za transport dojrzałego mRNA z jądra komórkowego do rybosomów oraz za stabilizację mRNA w obrębie cytoplazmy. Jest także jednym z białek wchodzących w skład tzw.