Czasy i okoliczności ustanowienia przy nim parafii pozostają niepewne, powinny one jednak być datowane nie później niż na XI wiek, czyli okres, w którym w mieście zostały wyznaczone struktury administracyjne (kościelne i cywilne), oparte na granicach parafii, zarządzanych przez proboszcza lub kolegium kapłanów (kapitułę). Po kolejnej renowacji, przeprowadzonej w pierwszych dekadach XV wieku został w 1463 roku konsekrowany przez Andreę Bona, biskupa Jesolo.
Obecny kościół W latach 1751–1762 kościół został zburzony i zbudowany na nowo, w tym samym miejscu i z pierwotną orientacją, według projektu Mattea Lucchesiego. Projekt wzorowany był na kościele Il Redentore, choć kościół San Giovanni Novo jest mniejszy i bardziej zwarty. Jego fasada została ukończona tylko do wysokość około 2 metrów, powyżej pozostawiono ją niedokończoną.