W latach 90. XX wieku w japońskim krajobrazie politycznym zaszły poważne przemiany. Kōmeitō została oficjalnie rozwiązana w 1994 roku, aby stać się partnerem rządu koalicyjnego. Współpraca zakończyła się niepowodzeniem i byli parlamentarzyści Kōmeitō połączyli siły, aby w 1998 roku utworzyć Shin-Kōmeitō (Nową Komeito).
Obecna bardziej umiarkowana i centrowa partia, w październiku 1999 roku dołączyła do koalicji z rządzącą LDP, która potrzebowała Kōmeitō do utrzymania większości w Zgromadzeniu Narodowym.
W 2003 roku partia zgodziła się na wprowadzenie tymczasowej ustawy legalizującej rozmieszczenie sił japońskich w Iraku. Została ona wniesiona pod obrady przez rząd premiera Jun’ichirō Koizumiego i przyjęta jako: Humanitarian Relief and Iraqi Reconstruction Special Measures Law („Ustawa o pomocy humanitarnej i specjalnych środkach w zakresie odbudowy Iraku”), co pozwoliło na ominięcie „pokojowej konstytucji” i poparcie sił amerykańskich w czasie wojny z IrakiemDo obowiązków oddziałów japońskich należały takie zadania, jak: oczyszczanie wody, odbudowa i przywracanie obiektów publicznych dla ludności irackiej..
W wyborach do parlamentu w latach 2003 i 2004 poradziła sobie dzięki niezwykle zaangażowanej i dobrze zorganizowanej bazie wyborczej Sōka Gakkai.