Wewnątrz botnetu istnieją flagi hierarchizujące boty. Na przykład botnet można tak ustawić, aby jeden, główny bot gromadził czarną i białą listę od pozostałych botów, a następnie zwrotnie uzgadniał ją z nimi. Można jednak ustalić, że np. białe listy będą różne na każdym z botów, zaś czarna będzie narzucana przez głównego bota. Wewnątrz botnetu odpowiednie flagi nadaje się też osobom dopuszczonym do poszczególnych botów. Na przykład część osób może sobie tylko rozmawiać w botlinii, inni mogą w pewnym zakresie sterować jednym botem, ale nie mają prawa ingerowania w działanie pozostałych, wreszcie są też tacy którzy otrzymują flagi „globalne” pozwalające sterować całą botlinią.
Botnety mogą posiadać rozmaite topologie: Rozproszoną – w której nie występuje wyróżniony główny bot, lecz boty wymieniają stale między sobą dane i pewna grupa użytkowników (zwykle właścicieli botów) otrzymuje jednakowe uprawnienia sterowania całością. Scentralizowaną – w której występuje główny bot, zwany hubem, który narzuca wszelkie reguły pozostałym botom. Całym botnetem zarządza się z huba. Taki botnet jest dość łatwo skonfigurować, ale można go całkowicie zniszczyć przez atak na huba.