Instytucja została utworzona w 1921 przez mający siedzibę w Poznaniu konsystorz Ewangelickiego Kościoła Unijnego w Polsce. Wyjaśniając jej genezę Woldemar Gastpary napisał: „Ponieważ polskie władze państwowe wymagały od kandydatów na duchownych odbycia przynajmniej części studiów na krajowej uczelni teologicznej, Kościół unijny w roku 1921 założył w Poznaniu teologiczne seminarium ewangelickie, które potem miało być rozbudowane do rangi fakultetu teologicznego, oprócz tego miał seminarium dla kandydatów po ukończeniu studiów teologicznych. W praktyce wyglądało to tak, że kandydaci przez trzy semestry uczęszczali do seminarium teologicznego w Poznaniu, następnie na sześć semestrów szli na wydział teologiczny jednego z uniwersytetów niemieckich, zaś po ukończeniu studiów teologicznych na rok do seminarium dla kandydatów dla duchownych”Woldemar Gastpary, Protestantyzm w Polsce w dobie dwóch wojen światowych 1914–1939, Warszawa 1978, s. 171..