Historia badań i eksploracji Otwór jaskini odsłonięto w okresie międzywojennym podczas eksploatacji kamieniołomu. Prawdopodobnie w wyniku tej eksploatacji zniszczono odcinek o długości 35 m łączący Jaskinię Pychowicką z Tunelem Pychowickim (dawniej tworzyły one jeden system jaskiniowy). Po zamknięciu kamieniołomu (prawdopodobnie nastąpiło to podczas II wojny światowej), Jaskinia Pychowicka była tylko płytką wnęką. Cały jej obecny system powstał w wyniku odkopania, jaskinia była bowiem całkowicie zamulona. Początkowo, w nieznanym czasie, odkopano tylko jej pierwszy, ośmiometrowy odcinek. W 1992 roku zainteresowali się nią grotołazi, którzy usunęli osady z odcinka o długości 21 m. Od 1995 jej eksploatację prowadzili liczni grotołazi z ośrodka bielskiego, krakowskiego i katowickiego, którzy usuwali osad z dalszych partii korytarzy. W rezultacie ich prac odkryto następne 80 m korytarzy. W pracach tych brało udział około 50 grotołazów. W 1999 r. otwór zamknięto stalową płytą.