Obecnie (2025) Międzynarodowy Komitet Ornitologiczny umieszcza perłopiórkę w monotypowym rodzaju Elachura w monotypowej rodzinie perłopiórek (Elachuridae). Wcześniej tradycyjnie przypisywana była ona do rodziny tymaliowatych (Timaliidae), najczęściej w rodzaju Spelaeornis. Rodzaj Elachura został opisany w 1889 przez Eugene’a Williama Oatesa, który jednak zachował stary epitet gatunkowy i opisał perłopiórkę jako E. punctata. Nową rodzinę Elachuridae opisali w 2014 Alström et al. na podstawie wyników badań genetycznych. Stanowi ona klad bazalny w kladzie Passerida. Nie ma współczesnych, blisko spokrewnionych z perłopiórką taksonów; reprezentuje ona reliktową linię rozwojową. Pokrewieństwo z innymi taksonami w obrębie Passerida jest niejasne. Pod względem morfologii i ekologii perłopiórka przypomina skąpoogonki (Pnoepygidae). W wielu aspektach podobna jest także do strzyżyków Troglodytes. Pieśń perłopiórki jest mało podobna do pieśni innych azjatyckich wróblowych. Prawdopodobnie podobieństwo do przedstawicieli Spelaeornis i Troglodytes wynika z paralelizmu ewolucyjnego.