Kanały jonowe w zewnętrznej błonie mitochondrialnej: kanały anionowe regulowane przez zmianę potencjału (VDAC, ang. Voltage-Dependent Anion Channel) - duże zależne od napięcia kanały jonowe. Kanały są mało selektywne dla anionów, przez kanał mogą przepływać jony wapnia oraz stosunkowo małe cząsteczki jak metabolity i nukleotydy. Prawdopodobnie przez kanał VDAC możliwa jest translokacja sekwencji DNA przez błonę, zaproponowano również, że przez kanał ten możliwy jest transport tRNA do mitochondriów. rektyfikacyjne kanały potasowe (Kir, ang. Inward Rectifying Potassium Channel) – kanały zaobserwowane podczas eksperymentów patch-clamp, aktywność kanału była regulowana przez cAMP oraz hamowana przez kationy cezu. Kanał nie wykazywał efektu hamującego po zastosowaniu innych klasycznych inhibitorów tego typu kanałów potasowych. pory importujące białka – kompleks białek kanałowych TOM (TOM, ang. Translocase of the Outer Mitochondrial). TOM zbudowany jest z różnych podjednostek receptorowych oraz rdzenia, centralnego białka TOM40. Kompleks białek TOM, rozpoznaje i wiąże mitochondrialne białka prekursorowe w celu przetransportowania ich przez błonę mitochondrialną. pory zbudowane z rodziny białek Bcl-2 (ang. Pores Formed by Bcl-2 Family Membrane) – to kanały zaangażowane w proces apoptozy.