Pod koniec 1942 r. zaistniała potrzeba ujednolicenia dowodzenia nad siłami Sprzymierzonych w Afryce Północnej, ponieważ wojska amerykańsko-brytyjskie nadciągające z zachodu pod dowództwem gen. Kennetha Arthura Noela Andersona, które wylądowały w Algierii podczas operacji Torch w listopadzie, oraz siły maszerujące z Libii i Egiptu, brytyjska 8 Armia dowodzona przez gen. Bernarda Montgomery' ego po zwycięskiej II bitwie pod El Alamein, były teraz wystarczająco blisko siebie, aby potrzebować wzajemnej koordynacji działań. Dlatego w lutym 1943 r. AFHQ przejęła kontrolę także nad 8. Armią zbliżającą się ze wschodu.
Eisenhower pozostawał dowódcą AFHQ do stycznia 1944 r., nadzorując lądowanie aliantów na Sycylii (pod kryptonimem operacja Husky), która rozpoczęła się 10 lipca 1943 r. oraz inwazję na Włochy kontynentalne (o kryptonimach operacja Baytown i operacja Avalanche) 3 września 1943 r. Eisenhower wrócił do Wielkiej Brytanii w grudniu 1943 r., aby objąć dowództwo nad siłami alianckimi gromadzącymi się przed rozpoczęciem operacji Overlord, alianckiej inwazji na Normandię, zaplanowanej pierwotnie na wiosnę 1944 r. Jego następcą został generał Henry Maitland Wilson.