Stopniowe zmniejszanie porcji doprowadziło do drastycznego wzrostu liczby zgonów.
23 czerwca 1942 roku, w dniu likwidacji zakładu, na terenie szpitala było 567 pacjentów. Na polecenie dyrektora z oddziału zakładu w szpitalu Bonifratrów w Zebrzydowicach koło Kalwarii przywieziono 29 chorych (jeden zmarł przed przewiezieniem). mały|Budynek teatru na terenie szpitala w Kobierzynie; w dniu pogromu 23 czerwca 1942 roku zgromadzono w nim polski personel zakładu Chorzy nadający się do transportu zostali policzeni na oddziałach, załadowani do ciężarówek, a następnie do wagonów podstawionych na bocznicę. Wszystkich wywieziono do Auschwitz, gdzie zostali zamordowani w komorach gazowych. Obłożnie chorzy zostali zastrzeleni lub uśmierceni zastrzykami w szpitalnych łóżkach, a następnie wrzuceni do dołu na przyzakładowym cmentarzu.
Administracja szpitala nie poinformowała rodzin o losie ich bliskich. Po zamordowaniu chorych pobrano jeszcze opłaty za leczenie.