w 1532 został rozwiązany, a cały region Galicji podporządkowano trybunałowi z Valladolid, choć kontrola ta była raczej nominalna.
Po wykryciu pod koniec lat 50. XVI wieku wspólnot protestanckich w Sewilli i Valladolid Rada Najwyższej i Generalnej Inkwizycji (Suprema) uznała, że region Galicji, ze względu na swe położenie, jest szczególnie podatny na infiltrację ruchów protestanckich oraz przemyt zakazanej literatury z Holandii, Anglii i Francji. W 1561 doktor Quijano de Mercado został mianowany inkwizytorem Galicji, a trzy lata później Suprema mianowała dwóch kolejnych inkwizytorów. Wprowadzenie w Galicji inkwizycji napotkało jednak znaczny opór lokalnych społeczności. Często dochodziło do zatargów z lokalnymi władzami, które sabotowały działania inkwizytorów. W rezultacie w 1567 Suprema zdecydowała o rozwiązaniu trybunału i ponownemu podporządkowaniu tego obszaru inkwizycji z Valladolid.