Po agresji ZSRR na Polskę 17 września 1939 dostał się do sowieckiej niewoli. Według stanu z kwietnia 1940 był jeńcem obozu w Kozielsku. Między 15 a 17 kwietnia 1940 przekazany do dyspozycji naczelnika smoleńskiego obwodu NKWD – lista wywózkowa 029/1 poz 92, nr akt 311 z 13.04.1940. Został zamordowany między 16 a 19 kwietnia 1940 przez NKWD w lesie katyńskim. Nie został rozpoznany podczas ekshumacji prowadzonej przez Niemców w 1943.
21 lipca 1947 ukazało się w Dzienniku Polskim i Dzienniku Żołnierza – The Polish Daily ogłoszenie zamieszczone przez siostrę majora, Krystynę Pruszanowską, przebywającą wówczas w Schoonhoven – która poszukiwała informacji o Leonie Pruszanowskim.
Był żonaty z Marią Zofią z Żółtowskich, miał syna Olgierda.
Ordery i odznaczenia Krzyż Walecznych (dwukrotnie) Złoty Krzyż Zasługi (19 marca 1937) „za zasługi w służbie wojskowej”. Medal Niepodległości (23 grudnia 1933) „za pracę w dziele odzyskania niepodległości”. Medal Zwycięstwa