Powstały tu: biblioteka, Stacja Oceny Nasion, Stacja Centralna Meteorologiczna. Oraz Pracownia Fizyczna. W jednostkach tych prowadzono ważne prace badawcze. Muzeum było również organizatorem wielu istotnych wystaw, będących wtedy motorem postępu. Intensywnie realizowano działalność popularyzacji wiedzy. W latach 1899–1930 Pracownia Fizyczna zorganizowała 10 tysięcy pokazów, w których wzięło udział ok. 172 tysiące osób. W Pracowniach Chemicznej i Fizycznej pracowała m.in. Maria Skłodowska-Curie.
Gmach muzeum został zbombardowany i spalony we wrześniu 1939 roku. W czasie powstania warszawskiego został ponownie spalony, w wyniku czego utracono ok. 10 tysięcy eksponatów. Po odbudowie w latach 1945–1947 pod kierunkiem Beaty Trylińskiej Muzeum wznowiło działalność, jednak w 1951 roku zostało zlikwidowane.
Kolejnym właścicielem budynku został w 1952 roku Centralny Instytut Rolniczy. Wkrótce skoncentrowano tu księgozbiory kilku bibliotek rolniczych i w 1955 roku powołano Centralną Bibliotekę Rolniczą (CBR powołano uchwałą Rady Ministrów z 12 listopada 1955 roku, natomiast statut określający jej zadania nadano 30 grudnia 1955 roku).