19 marca 1578 Gebhard przyjął święcenia kapłańskie, w kwietniu tego samego roku otrzymał cesarską inwestyturę i został przyjęty do kolegium elektorskiego, a dopiero 29 marca 1580 zatwierdzony przez papieża (który długo wstrzymywał się, prawdopodobnie ze względu na Bawarię).
Najprawdopodobniej Gebhard był z przekonania katolikiem i jego działania związane z przejęciem arcybiskupstwa nie były zaplanowanym podstępem. Jednak pod wpływem Agnes von Meinsfeld-Eisleben, protestanckiej hrabianki, z którą miał potajemny romans prawdopodobnie od 1579 lub 1580 (kochankowie spotykali się na zamku Moers należącym do kalwińskiego hrabiego Adolfa z Neuenahr) oraz hrabiego Wetterau przyjął plan porzucenia katolicyzmu, poślubienia Agnes i sekularyzacji księstwa arcybiskupiego. 19 grudnia 1582 publicznie wyrzekł się Kościoła katolickiego i proklamował wolność wyznania w księstwie, a 2 lutego 1583 w Bonn poślubił Agnes.