Na mocy umowy polsko-francuskiej z 9 września 1939, ambasador RP w Paryżu Juliusz Łukasiewicz ogłosił 15 września mobilizację Polaków we Francji. Jej organizację poruczono Konsulowi Generalnemu w Lille Aleksandrowi Kawałkowskiemu, który stanął także na czele Polskiej Organizacji Walki o Niepodległość. W maju 1940, w związku z inwazją Niemiec na Francję, Konsulat został ewakuowany. Część archiwów ukryto, a część zniszczono. Urzędnicy placówki zasilili ruch oporu. W 1944 Rząd Polski na Uchodźstwie reaktywował placówkę, która powróciła do pałacyku Delesalle.
W maju 1945, w związku z cofnięciem przez Paryż uznania dla rządu w Londynie, Konsul Generalny Czesław Bitner opuścił urząd, przekazując klucze prefekturze w Lille. Nowym kierownikiem placówki, mianowanym już przez Tymczasowy Rząd Jedności Narodowej, został Henryk Arasimowicz. Nowy konsul, za zgodą władz francuskich, organizuje repatriację polskich emigrantów. W 1949 utworzono Kongres Polaków we Francji z siedzibą w Lens, który w 1969 przekształcił się w Kongres Polonii Francuskiej. W 1963, wobec braku zainteresowania powrotem emigrantów, władze PRL zrzekają się odpowiedzialności za nauczanie języka polskiego. W efekcie została zamknięta szkoła polska przy Konsulacie.