Po agresji ZSRR na Polskę 17 września 1939 dostał się do niewoli sowieckiej. Według stanu z kwietnia 1940 był jeńcem obozu w Kozielsku. 11 kwietnia 1940 przekazany do dyspozycji naczelnika smoleńskiego obwodu NKWD – lista wywózkowa 025/1 poz 9, nr akt 2200 z 9.04.1940. Został zamordowany 13 kwietnia 1940 przez NKWD w lesie katyńskim. Zidentyfikowany podczas ekshumacji prowadzonej przez Niemców w 1943, wpis w księdze czynności pod datą 28.04.1943Auswaertiges Amt – Amtliches Material Zum Massenmord Von Katyn, Berlin 1943, s. 199.. Figuruje liście AM-183-664. Przy szczątkach w mundurze znaleziono trzy pocztówki z nadawcą E. Przygodzińska, trzy listy i fotografięThe Katyn Forest Massacre, Washington 1952, s. 139.Auswaertiges Amt – Amtliches Material Zum Massenmord Von Katyn, Berlin 1943, s. 183.
Stefan Frąckowiak, wójt gminy Kuślin, jeniec Kozielska, wspominał o nim w liście do rodziny.
W Archiwum Robla znajduje się: kalendarzyk znaleziony przy zwłokach kapitana Józefa Trepiaka, w którym Przygodziński został wymieniony pod datą 11 kwietnia 1940 jako jeden z oficerów wywiezionych tego dnia z obozu (pakiet 0867-06).
Znajduje się na liście ofiar opublikowanej w Gońcu Krakowskim nr 97 Nowym Kurierze Warszawskim nr 110 i Gazecie Lwowskiej