Na mocy dekretu napoleońskiego Królestwa Włoch z 5 czerwca 1805 roku (oraz kolejnych dekretów) zainicjowano w Wenecji proces kasat i przekształceń kościołów i klasztorów oraz zmian granic parafii. W związku z tym w 1807 roku została zniesiona parafia San Simeon Profeta, a kościół został z tego samego powodu zdegradowany do rangi kościoła filialnego w parafii Santi Simeone i Giuda (San Simeone Piccolo). Jednak 1810 roku w efekcie nowych przepisów role się odwróciły i kościół San Simeon Grande odzyskał status kościoła parafialnego oraz obszar swojej dawnej parafii, a San Simeon Piccolo stał się ponownie jego kościołem filialnym. Kościół aż do 1807 roku miał dodatkowo status kolegiaty, która była zarządzana przez kapitułę złożoną z dwóch kapłanów tytularnych, diakona, subdiakona i dwóch akolitów. Od 1807 roku kościołem zarządza proboszcz z nominacji patriarchy.
W 1861 roku w kościele zostały przeprowadzone dalsze prace remontowe, a w latach 2015–2016 – kolejne.