5 listopada 1929 został kapelanem Polskiej Misji Katolickiej w Hautrage–Etat, na okręg Mons.
W 1934 powrócił do Polski i został skierowany przez bpa Teodora Kubinę na wikarego w parafii Brzeźnica koło Radomska. Oficjalnie do diecezji częstochowskiej został inkardynowany 2 lutego 1934. W tym samym czasie, 9 lutego 1934, uzyskał też indult sekularyzacji i formalne zwolnienie z zakonu Księży Saletynów.
Następnie pracował w Będzinie, gdzie był m.in. prefektem w Szkole Podstawowej nr 6 oraz proboszczem parafii św. Barbary. 16 grudnia 1938 został mianowany asystentem kościelnym Akcji Katolickiej na okręg będziński, a w sierpniu 1939 bp Kubina powierzył mu stanowisko Sekretarza Generalnego Diecezjalnego Instytutu Akcji Katolickiej.
Po wybuchu II wojny światowej, 9 listopada 1939 ks. Pająk został mianowany administratorem parafii św. Mikołaja w Truskolasach, gdzie pracował przez cały okres okupacji. Po wyzwoleniu tych terenów spod okupacji hitlerowskiej, 15 lutego 1945 został proboszczem parafii pw. św. Józefa Rzemieślnika w Częstochowie-Rakowie.