Klub grał natomiast w Irish Intermediate League do 1954 roku, kiedy to z powodu utraty członków liga została reorganizowana do Irish League B Division. Newry, wraz z Dundela F.C. i Carrick Rangers F.C., nie zostali zaakceptowani do Dywizji B, dlatego dołączyli do Irish Alliance League. Klub zdobywał mistrzostwo ligi przez kolejne trzy sezony, zanim ostatecznie otrzymał promocję do Irish League B Division w 1957 roku.
W sezonie 1957/58 po raz pierwszy zdobył Intermediate Cup, w sezonie 1966/67 powtórzył ten sukces, a w sezonie 1959/60 został mistrzem Dywizji B. W sezonie 1974/75 wygrał południową sekcję Dywizji B, ale potem przegrał z Carrick Rangers w play-off o mistrzostwo Dywizji B. „Podwójny” sukces osiągnął w sezonie 1980/81, kiedy wygrał Irish League B Division oraz Intermediate Cup. Po tak wysokich wynikach w 1981 roku klub złożył wniosek o dołączenie do Irish League, który początkowo został odrzucony. Jednak w 1983 Liga postanowiła rozszerzyć swoje członkostwo do czternastu klubów, a Newry wraz z Carrick Rangers zostali przyjęci do Irish League.