W czasach średniowiecznych kościół był kilkakrotnie przebudowywany, głównie z powodu wzrostu populacji na wyspie. W roku 1511 scriptura apostolica ogłosiła, że kościół św. Jerzego jest kościołem parafialnym Gozo, obejmującym całą populację Gozo. W roku 1551, podczas najazdu na Gozo, większość mieszkańców wyspy, wraz z proboszczem Lorenzo De Apapisem (1501-1586), została wzięta do niewoli i wywieziona do Konstantynopola przez Turków osmańskich. Ksiądz De Apapis zdołał wykupić się z niewoli po kilku latach, powrócił na Gozo i odbudował kościół św. Jerzego, który był mocno uszkodzony. Budowla była ponownie odbudowywana w latach 1583 oraz 1598. thumb|left|Wnętrze St George’s w latach 30. XX wieku
Odbudowa kościoła Kościół aktualnie istniejący został zamówiony przez wielkiego mistrza Zakonu św. Jana Alofa de Wignacourt w roku 1603, kiedy ten zlecił Vittorio Cassarowi wyburzenie budynków, które mogłyby posłużyć do osłaniania ataku wroga na Cittadellę, a także do odbudowy kościoła parafialnego św. Jerzego. Jednak dopiero po roku 1670 papież Klemens X wydał dekret, zezwalający na wykorzystanie funduszy ze Stolicy Apostolskiej, aby rozpocząć budowę kościoła. Kamień węgielny aktualnego kościoła został położony 7 sierpnia 1672 roku.