Ołtarz główny Od 1678 kościół miał co najmniej trzy, następujące po sobie, ołtarze główne. O pierwszym wiadomo jedynie, że zbudowany był prawdopodobnie z kamienia. W 1755 zastąpiony został kolejnym, wykonanym przez Claudio Durante z Valletty, według projektu Francesco Vincenzo Zahry, a który konsekrowany został 21 września tegoż roku przez biskupa de Bussan. Ołtarz zbudowany został z sześciu rodzajów marmuru sycylijskiego. Po demontażu w 1960 zabytek „zniknął”. Odnaleziony w 1999 i poddany konserwacji, w 2012 ustawiony został w Knights’ Cancellaria, St. George Square w Valletcie(s.13-14). Współcześnie stojący w bazylice ołtarz zastąpił poprzedni w 1960. Wykonany jest z białego marmuru karraryjskiego, nad nim rozpościera się baldacchino z brązu. Cztery klęczące archanioły dźwigają płytę marmurową ołtarza, znamionującą tron Chrystusa. Autorem ołtarza jest rzymski rzeźbiarz Carlo Pisi.thumb|160px|Obraz tytularny pędzla Mattia Pretiego z 1678 Wzbogacił on ołtarz, będąc zainspirowany pracą Berniniego, wykonanym z brązu i pozłacanym baldachimem, przekształcając kościół w miniaturę bazyliki św. Piotra(s.14). Carlo Pisi wykonał również wspaniałe marmurowe stacje drogi krzyżowej.