Struktura organizacyjna W skład ministerstwa wchodzi Gabinet Polityczny Ministra oraz następujące jednostki organizacyjne: Departament Budżetu Departament Europejskiego Funduszu Społecznego Departament Informatyki Departament Kontroli Departament Koordynacji Krajowego Planu Odbudowy Departament Koordynacji Wdrażania Funduszy Unii Europejskiej Departament Partnerstwa Publiczno-Prywatnego Departament Prawny Departament Programów Infrastrukturalnych Departament Programów Pomocowych Departament Programów Ponadregionalnych Departament Programów Regionalnych Departament Programów Wsparcia Innowacji i Rozwoju Departament Promocji Funduszy Europejskich Departament Rozwoju Cyfrowego Departament Rozwoju Regionów Departament Spraw Europejskich i Współpracy Międzynarodowej Departament Strategii Departament Współpracy Terytorialnej Departament Zgodności Rozliczeń Środków Europejskich Biuro Administracyjne Biuro Dyrektora Generalnego Biuro Komunikacji Biuro Ministra Biuro Polityki Bezpieczeństwa Biuro Polsko-Ukraińskiej Współpracy Rozwojowej Biuro Zarządzania Zasobami Ludzkimi.