Budowa Krzyża Milenijnego została sfinansowana przez Macedoński Kościół Prawosławny, macedoński rząd i darowizny od Macedończyków z całego świata. Krzyż został zbudowany na szczycie góry Wodno w miejscu znanym od czasów Imperium Osmańskiego jako „Krstovar” („Miejsce krzyża”), ponieważ znajdował się tam mniejszy krzyż. 8 września 2008 roku, w Dzień Niepodległości Republiki Macedonii, wewnątrz krzyża zainstalowano windę. W 2009 roku obok krzyża otwarto restaurację i sklep z pamiątkami. W 2011 roku została otwarta kolejka linowa dowożąca turystów do krzyża, zbudowana przez austriacką firmę Doppelmayr.
Opinia publiczna i kontrowersje Po konflikcie w 2001 roku Krzyż Milenijny pełnił rolę „roszczenia politycznego” wobec Skopje w postaci wyznacznika terytorialnego „służącego jako przypomnienie, do kogo należy miasto”. Krzyż Milenijny stał się symbolem podkreślającym obecność macedońskiej społeczności w Skopje oraz jej zróżnicowanie polityczne i religijne. Dla macedońskich nacjonalistów dowolnej przynależności politycznej Krzyż Milenijny jest ważnym symbolem politycznym i narodowym. Sam Krzyż był również stwierdzeniem 1000-letniej macedońskiej autokefalii (braku odpowiedzialności głowy macedońskiego kościoła przed hierarchą Serbskiego Kościoła Prawosławnego, który nie uznaje niezależnego Macedońskiego Kościoła Prawosławnego).