Po opuszczeniu UPR w dalszym ciągu udzielał poparcia PiS-owi. Stał się szczególnie aktywny w wyrażaniu tego poparcia po katastrofie smoleńskiej i każdego miesiąca przemawiał podczas miesięcznic w Lublinie. Rozpowszechniał ulotki przedstawiające Jarosława Kaczyńskiego jako św. Jerzego, co zostało skrytykowane na łamach „Gazety Wyborczej”. W czerwcu 2011 roku Kaczyński podczas wizyty w Lublinie dał się sfotografować z czasopismem „Idź Pod Prąd”.
Przed wyborami parlamentarnymi w 2011 roku ogłosił apel do protestantów „Stańmy przy Polsce”. Przypomniał w nim, że wielu protestantów doświadczyło krzywd, jednak kierowanie się „urazami byłoby małostkowością niegodną uczniów Jezusa”. Po przyjęciu uchodźców przez papieża do Rzymu na pokładzie samolotu Chojecki zarzucił mu złamanie przepisów migracyjnych. W roku 2017 uznał, że PiS nie dotrzymuje obietnic wyborczych i przestał popierać tę partię.