W trakcie ćwiczeń współpraca objęła również szczebel dowodzenia, reprezentant każdego państwa uczestniczącego pełnił funkcję dowódcy operacyjnego i koordynował działania przeprowadzane w ramach scenariusza. alt=|right|mały|200x200px|Izraelscy i włoscy piloci w bazie lotniczej Owda, 25 listopada 2013 roku. W ćwiczeniach wzięły udział następujące państwa (łącznie w ćwiczeniach wzięło udział do 60 samolotów):
Grecja, F-16, Izrael, F-16I Sufa, Stany Zjednoczone, F-15E Strike Eagle, Włochy, Panavia Tornado i AMX.
2015 mały|200x200px|Izraelski myśliwiec F-16I Sufa w bazie lotniczej Owda, 26 października 2015 roku W trakcie „Blue Flag 2015”, przeprowadzonych w dniach 14–30 października, powtórzono symulację scenariusza wojennego z symulacją ataków lądowych i powietrznych w dzień i w nocy. Dodatkowo program ćwiczeń rozszerzono o tankowania w locie, udział śmigłowców bojowych i transportowych, walkę elektroniczną, transport powietrzny. Co więcej, organizatorzy poszerzyli potencjalne zagrożenia o rakiety ziemia-powietrze i piechotę wyposażoną w broń przeciwlotniczą. Na ćwiczenia przybyło 24 attache wojskowych oraz 34 zagranicznych obserwatorów. Ponadto, oprócz pilotów udział w „Blue Flag 2015” wzięły obsługi naziemne.