Potem w latach 1919–1920 był naczelnikiem Okręgu Wileńskiego Zarządu Cywilnego Ziem Wschodnich, a w latach 1920–1922 członkiem Tymczasowej Komisji Rządzącej Litwy Środkowej. W 1923 był członkiem-założycielem Wileńskiego Oddziału Polskiego Towarzystwa Eugenicznego. Ponadto był Prezesem Wileńskiego Oddziału Spółki Akcyjnej „Polski Lloyd” oraz członkiem Centralnego Zarządu Polskiej Macierzy Szkolnej Ziem WschodnichNekrologi „Dziennik Wileński” R.IX, nr 139 z 21 czerwca 1925 r..
Konrad Bolesław Niedziałkowski był mężem Heleny z Czajczyńskich, córki uczestnika Powstania Styczniowego, zesłanego do Tweru nad Wołgą, ojcem: Wandy Dobaczewskiej (pisarki), Mieczysława (działacza PPS), Jerzego (starosty średzkiego i jarocińskiego)Stanisław Frankowski: Starosta powiatowy Jerzy Niedziałkowski i jego rodzina, „Średzki Kwartalnik Kulturalny” Nr 1 (65), styczeń-marzec 2013., Haliny (1897–1987) poetki, żony Władysława Zawadzkiego – ministra skarbuStanisław Cat – Mackiewicz, 12 I 1941. Śp. Mieczysław Niedziałkowski „Wiadomości Polskie” Londyn, nr 2, 12 I 1941. i Jana (1907–1952). Jego brat Karol Antoni od 1901 był biskupem katolickim w Diecezji Łucko-Żytomierskiej, a także rektorem Akademii Duchownej w Petersburgu.